生物分子相互作用预测模型 Boltz 使用指南

Boltz是用于生物分子相互作用预测的模型，Boltz-1是首个达到AlphaFold3精度的完全开源模型，最新的Boltz-2作为新型生物分子基础模型，通过联合建模复杂结构和结合亲和力，超越了AlphaFold3和Boltz-1。结合亲和力是精确分子设计的关键组成部分，Boltz-2是首个接近基于物理的自由能微扰（FEP）方法精度的深度学习模型，运行速度快1000倍，让早期药物发现中精确的计算机筛选变得可行。

Boltz安装

建议在新的Python环境中安装boltz。

使用PyPI安装boltz（推荐方式）：

pip install boltz -U

直接从GitHub获取每日更新：

git clone https://github.com/jwohlwend/boltz.git
cd boltz; pip install -e .

Boltz推理

可使用以下命令运行Boltz推理：

boltz predict input_path --use_msa_server

input_path应指向一个YAML文件，或指向包含YAML文件的目录以进行批量处理，这些文件描述了要建模的生物分子以及要预测的属性（如亲和力）。若想查看所有可用选项，可运行boltz predict --help，关于这些输入格式的更多信息，可查看预测说明。默认情况下，boltz命令会运行模型的最新版本。

Boltz 评估

为鼓励重现性并促进与其他模型的比较，除了现有的Boltz-1评估流程，我们很快会在测试基准数据集上提供Boltz-2、Boltz-1、Chai-1和AlphaFold3的评估脚本和结构预测，在FEP+基准、CASP16和MF-PCBA测试集上的亲和力预测。

Boltz 训练

如果对重新训练模型感兴趣，目前可查看Boltz-1的训练说明，即将提供Boltz-2的相关内容。